一級(jí)生物安全柜可保護(hù)工作人員和環(huán)境而不保護(hù)樣品。氣流原理和實(shí)驗(yàn)室通風(fēng)櫥一樣，不同之處在于排氣口安裝有HEPA過濾器。所有類型的生物安全柜都在排氣和進(jìn)氣口使用HEPA過濾器。一級(jí)生物安全柜本身無風(fēng)機(jī)，依賴外接通風(fēng)管中的風(fēng)機(jī)帶動(dòng)氣流，由于不能對(duì)試驗(yàn)品或產(chǎn)品提供保護(hù)，目前已較少使用。

二級(jí)生物安全柜是目前應(yīng)用最為廣泛的柜型。 與Ⅰ級(jí)生物安全柜一樣，Ⅱ級(jí)生物安全柜也有氣流流入前窗開口，被稱作“進(jìn)氣流”，用來防止在微生物操作時(shí)可能生成的氣溶膠從前窗逃逸。與Ⅰ級(jí)生物安全柜不同的是，未經(jīng)過濾的進(jìn)氣流會(huì)在到達(dá)工作區(qū)域前被進(jìn)風(fēng)格柵俘獲，因此試驗(yàn)品不會(huì)受到外界空氣的污染。 Ⅱ級(jí)生物安全柜的一個(gè)獨(dú)特之處在于經(jīng)過HEPA過濾器過濾的垂直層流氣流從安全柜頂部吹下，被稱作“下沉氣流”。下沉氣流不斷吹過安全柜工作區(qū)域，以保護(hù)柜中的試驗(yàn)品不被外界塵?；蚣?xì)菌污染。